Výzkumné aktivity Národního centra pro energetiku II jsou realizovány prostřednictvím společně řešených dílčích projektů, na kterých spolupracují odborníci napříč celým konsorciem NCE II.
V průběhu řešení projektu NCE I (2019-2022) bylo Radou centra vybráno k řešení celkem 33 dílčích projektů s vysokou mírou komercionalizace a doložením spolufinancování ze strany průmyslových partner. Na jejich úspěšnou realizaci navazují dílčí projekty řešené od r. 2023 v rámci pokračujícího projektu NCE II.