Rada centra je hlavním rozhodovacím orgánem Národního centra pro energetiku II. Rada centra řídí centrum, určuje jeho strategické a koncepční směřování, činí zásadní rozhodnutí týkající se fungování centra a dohlíží na plnění strategické výzkumné agendy a spolupráci s aplikační sférou. Mezi 15 členy Rady centra jsou zastoupeny přední univerzity a výzkumné organizace, průmysloví partneři a aplikační garanti, nadpoloviční většinu členů Rady centra tvoří zástupci veřejného či bankovního sektoru mimo instituce zapojené v NCE II a zahraniční experti.
Předsedou Rady centra je Stanislav Mišák, ředitel Centra energetických a environmentálních technologií (CEET) VŠB-TUO, jejím místopředsedou je Zdeněk Peroutka ze Západočeské univerzity v Plzni.